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Author: pabouttier

docs/arch_exp/turpan/logiciels/container/custum_apptainer.md

@@ -8,7 +8,7 @@ Le plus simple est de partir d’un [des conteneurs disponible](./list_container
 Les commandes pour créer l’environnement apptainer depuis l’image du conteneur nommés ici « X » ( où X peut être n'importe lequel des conteneurs disponibles):
 
 ```shell
-cd /work/conteneurs/
+cd /work/conteneurs/build_container
 apptainer build --sandbox mon_conteneur/ /work/conteneurs/sessions-interactives/x.sif
 
 # Create necessary directory 

docs/arch_exp/turpan/logiciels/envpython/modulus.md

@@ -97,11 +97,12 @@ Le chemin sera ensuite utilisé pour l’ajouter au conteneur Apptainer, comme m
 >
 >ENV_PATH=/tmpdir/user_name/.conda/envs/myenv3
 >
->apptainer exec \
+> srun apptainer exec \
 >  --nv \
 >  --bind /tmpdir,/work \
 >  --env PYTHONUSERBASE=$ENV_PATH \
 >  --env LD_LIBRARY_PATH=$ENV_PATH/lib:$LD_LIBRARY_PATH \
+>  --env PYTHONPATH=$ENV_PATH/lib/python3.10/site-packages:$PYTHONPATH \
 >  /work/conteneurs/sessions-interactives/modulus-24.01-calmip-si.sif \
 >  python mon_script.py
 >```

docs/arch_exp/turpan/logiciels/envpython/pytorch.md

@@ -139,11 +139,12 @@ Le chemin sera ensuite utilisé pour l’ajouter au conteneur Apptainer, comme m
 >
 >ENV_PATH=/tmpdir/user_name/.conda/envs/myenv3
 >
->apptainer exec \
+> srun apptainer exec \
 >  --nv \
 >  --bind /tmpdir,/work \
 >  --env PYTHONUSERBASE=$ENV_PATH \
 >  --env LD_LIBRARY_PATH=$ENV_PATH/lib:$LD_LIBRARY_PATH \
+>  --env PYTHONPATH=$ENV_PATH/lib/python3.10/site-packages:$PYTHONPATH \
 >  /work/conteneurs/sessions-interactives/pytorch-24.02-py3-calmip-si.sif \
 >  python mon_script.py
 >```

docs/arch_exp/turpan/logiciels/envpython/scikit-learn.md

@@ -108,11 +108,12 @@ Le chemin sera ensuite utilisé pour l’ajouter au conteneur Apptainer, comme m
 >
 >ENV_PATH=/tmpdir/user_name/.conda/envs/myenv3
 >
->apptainer exec \
+> srun apptainer exec \
 >  --nv \
 >  --bind /tmpdir,/work \
 >  --env PYTHONUSERBASE=$ENV_PATH \
 >  --env LD_LIBRARY_PATH=$ENV_PATH/lib:$LD_LIBRARY_PATH \
+>  --env PYTHONPATH=$ENV_PATH/lib/python3.10/site-packages:$PYTHONPATH \
 >  /work/conteneurs/sessions-interactives/rapids-notebooks-24.02-cuda12.0-py3.10-si.sif \
 >  python mon_script.py
 >```

docs/arch_exp/turpan/logiciels/envpython/tensorflow.md

@@ -96,11 +96,12 @@ Le chemin sera ensuite utilisé pour l’ajouter au conteneur Apptainer, comme m
 >
 >ENV_PATH=/tmpdir/user_name/.conda/envs/myenv3
 >
->apptainer exec \
+> srun apptainer exec \
 >  --nv \
 >  --bind /tmpdir,/work \
 >  --env PYTHONUSERBASE=$ENV_PATH \
 >  --env LD_LIBRARY_PATH=$ENV_PATH/lib:$LD_LIBRARY_PATH \
+>  --env PYTHONPATH=$ENV_PATH/lib/python3.10/site-packages:$PYTHONPATH \
 >   /work/conteneurs/sessions-interactives/tensorflow-24.02-tf2-py3-calmip-si.sif \
 >  python mon_script.py
 >```