1.3.0-a1でFactory定義の読み込み順の非互換

#88 のFactory定義、ServiceProvider定義の読込み順序をより個別環境指定のものを優先する
に関する動作変更により、プロジェクト個別で配置されたファクトリ定義ファイルを優先して選択してようになったが、既存の動作と異なる問題があった。

## 現象
1.3.0-a1より前はプロジェクト固有の定義ファイルでエレメント含めて定義していなかったり、オプションパラメータが未指定だったものについて、ビルトインの定義ファイルで定義されたものが継承(というより残存)していた。つまり、プロジェクト個別指定のもの以外はビルトインの設定を消せない状況だった。

設定については、複数指定できるものは内部的に追加されていくので、増やしたくないものが意図せず含まれてしまっていないかが気になるところ。