plotfig

简介

plotfig 是一个专为科学数据可视化设计的 Python 库，致力于为认知神经科研工作人员提供高效、易用且美观的图形绘制工具。 该项目基于业界主流的可视化库—— matplotlib、surfplot 和 plotly等库开发，融合了三者的强大功能，能够满足神经科学以及脑连接组学中多种场景下的复杂绘图需求。

项目结构

项目采用模块化设计，核心代码位于 src/plotfig/ 目录下，包含如下主要功能模块：

• bar.py：条形图绘制，适用于分组数据的对比展示。
• correlation.py：相关性矩阵可视化，便于分析变量间的相关性分布。
• matrix.py：通用矩阵可视化，支持多种配色和注释方式。
• brain_surface.py：脑表面可视化，实现三维脑表面图集结构的绘制。
• circos.py：弦图可视化，适合平面展示脑区之间的连接关系。
• brain_connection.py：玻璃脑连接可视化，支持复杂的脑网络结构展示。

文档与示例

plotfig 提供了网页文档和使用示例。具体参见使用教程。

安装

plotfig 支持通过 pip 或源码安装，要求 Python 3.11 及以上版本。

使用 pip 安装 (推荐)

pip install plotfig

使用 GitHub 源码安装

git clone --depth 1 https://github.com/RicardoRyn/plotfig.git
cd plotfig
pip install .

依赖

plotfig 依赖若干核心库，这些依赖将在安装过程中自动处理，但需要注意：

• surfplot 需使用其 GitHub 仓库中的最新版，而非 PyPI 上的版本，因后者尚未包含所需功能。

⚠️ 指定 surfplot 版本

由于 PyPI 上的 surfplot 版本较旧，缺少 plotfig 所需功能，建议通过以下步骤安装其 GitHub 仓库的最新版。

如果您无须绘制 brain surface 图，可以忽略此步骤。

# 卸载旧版本
pip uninstall surfplot

# 克隆源码并安装
git clone --depth 1 https://github.com/danjgale/surfplot.git
cd surfplot
pip install .

# 安装完成后，返回上级目录并删除源码文件夹
cd ..
rm -rf surfplot

贡献

dev 分支通常包含最新功能以及尚未合并到 main 的修复。

如果您希望体验这些功能或参与 plotfig 的开发，可以选择以 开发模式（editable mode） 安装项目。

这种安装方式允许您对本地源码的修改立即生效，非常适合调试、开发和贡献代码。

推荐先 Fork 仓库，然后克隆您自己的 Fork 并安装 dev 分支：

git clone -b dev https://github.com/ <your-username >/plotfig.git
cd plotfig
pip install -e .

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